这本来是一个很简单的交涉，但没想到，这个时候突然节外生枝。因为中国的理由是“藩邦有难，宗主国有权利出兵”，率有道伐无道，这是周朝以来的一个道义原则。但这个时候日本外务省马上做出回复：“我从来没承认朝鲜是你的属国。”
日本这句话有没有理由呢？我们今天回过头去看日本的这句话，是有理由的。因为1874年日朝建交的时候，他们有一个前提条件，是两个独立的、平等的主权国家会谈，当时日本没有将朝鲜定义为“大清帝国的属国”。当时日本反复强调，双方是对等的独立国家。因此这个时候日本就否认朝鲜是中国的属国。这下该怎么办？
6月3日中国出兵，出兵之后中日交涉。到了6月28日，日本驻朝鲜的公使大鸟圭介就问朝鲜的国王：“你们朝鲜是否还是中国的属邦？如果你要认为自己还是属邦，那么日朝已经谈成的1875年以来的外交关系可能就会发生变化。因为我是和一个独立主权国家谈判，现在你突然变成清帝国的属国，就和我们原来谈的原则不一样了。”
日本的威胁对朝鲜影响是很大的。从1875年到1894年，中间经历了近二十年的时间，这期间日本在朝鲜的投资，日朝之间的联系，都是大事情。朝鲜政府反而不好表态了。朝鲜政府把它的难处通过外交渠道告诉了袁世凯，袁世凯得到这个消息后就报告给了李鸿章。