台湾设治，始于宋代、元代，但皆编在澎湖。康熙统治期间在台湾本岛建立的府县，是以郑氏政权建立的府县为基础。顺治十八年(1661),郑成功从荷兰人手中收复台湾之后，曾建立过承天一府及天兴、万年二县。郑经时又改为东宁府，升二县为州，设南、北路及澎湖三安抚司。统一后，康熙二十三年四月十四日，康熙皇帝批准差往福建料理钱粮侍郎苏拜会同福建总督、巡抚所上奏疏，改东宁府为台湾府，于南路设风山县，于北路设诸罗县，于府治设台湾县，澎湖归府直辖，使台湾地方政权的建置逐渐完备。台湾府县的文职官员，准福建督抚于本省现任官内拣选，奏请皇帝批准调补，三年任满，工作称职，即予优升。
经“督抚会疏交荐”,康熙批准，台湾第一任知府由原任泉州府知府、汉军镶白旗人蒋毓英调补担任。他赴任之后，“见井里萧条，哀鸿未复。躬历郊原，披荆斩棘，经界三县封域。相土定赋，罢不急之役。安抚土番，招集流亡，咨询疾苦，进父老子弟，教以孝悌之义。振兴文教，捐俸创立义学，延师课督”,在政治、经济、文教等方面，均有所建树。他三年任满之后，升按察司副使，管台湾府事，实是连任三年。蒋毓英所建台湾府县政权组织完全与内地相同。台湾府衙署建在东安坊，大门向南开，改变了原来台湾官舍民居向西开大门的习惯，这是把台湾衙署采取和内地一样制度的象征。