20世纪80年代中期以后，厦门大学高等教育科学研究所根据全国高等教育研究发展的客观形势，结合本所的主客观条件，制定了从建所到2000年的总体战略。其共分三个战略阶段：第一阶段，从1978年到1984年，以建立高等教育学新学科为基本任务，促进建所
工作；第二阶段，从1984年到1990年或稍后一两年，以培养人才为主要任务，开展科研工作；第三阶段，从20世纪90年代初到2000年，进行较高水平与较广泛领域的科学研究，建成名副其实的全国重点学科点。①1984年，高等教育科学研究室被批准改为高等
教育科学研究所，第一部《高等教育学》公开出版，宣告第一阶段的任务完成，并随即进入第二阶段。
1988年7月，厦门大学高等教育科学研究所经国家教委批准为全国高等教育学重点学科点。至1991年年底，全所有专职科研人员21人，兼职科研人员44人，设有4个研究室：高等教育理论与高教史研究室、高等教育管理学研究室、心理学研究室、外国高等教育研究室。学科比较齐全，初步形成了老、中、青相结合的学术梯队和以专职为主、专兼职结合的科研队伍。