第三个故事是大师与玛格丽特的爱情故事:诗人无家汉在精神病院里结识了大师。大师原是一位在博物馆工作的历史学者, 因中彩得了一大笔钱, 便辞去工作, 专门从事写作。他写的关于耶稣的小说被斥为毒害人民的宗教宣传, 受到当局严厉批判。他在恐惧之余逃进了疯人院, 放弃了自己的姓名, 只自称“大师”。其实, 大师这称号原本是他的秘密情人玛格丽特送给他的, 因为在她心目中他确实是位天才艺术大师。玛格丽特的生活本来是极好的, 是“莫斯科许多妇女情愿付出任何代价去换取的”, 但她却觉得“未曾有过一分钟的幸福”。结识大师后, 她炽烈地爱上了他, 给他以柔情, 称他为“大师”, 鼓励他写那部小说。结果作品完成后, 却无法发表, 并使他始而受批判, 继而失踪(她不知道他已逃进疯人院)。为了找到大师, 能再见到他, 她与魔王的随从订立了契约, 涂了阿扎泽勒给她的回春脂, 变成了女妖, 为魔王主持了晚会, 付出了艰苦的劳动, 终于在魔王处见到了大师。他们得到魔王的允许, 又回到人间, 回到莫斯科他们原来住的半地下室。