但是在我国现阶段，学校资金的会计记录，尤其是现场会计记录还非常粗略，少数地区中小学财务管理仍存在责任不明、制度不严、效益不高等问题，个别学校甚至存在私设“小金库”、私分公款的严重违纪违法行为[11]等，因而需建立完善学校财务会计制度，记录学校收入和支出，实现财务管理的高效率和好效果。而且，行政管理人员对所有资金管理的合法性、质量保证和有效性就可以通过会计报告记录予以支持，经费的配置的依据。因而，《教育规划纲要》提出要加强学校财务会计制度建设，完善经费使用内部稽核和内部控制制度，具有重要的现实意义。
首先，必须有专门机构和人员负责财务管理工作。经费管理，尤其是财务会计工作，专业化要求较高，而且在社会主义市场经济大的体制环境中，随着国家财政体制改革的深化，教育的改革发展对学校财务会计提出了更高的要求，因而在人员和机构上也就提出了新的要求。从《教育规划纲要》执行的角度看，需要采取一定的步骤和措施对全国学校财务会计系统的人员进行调整和提高。另外，建立有各方面代表的学校财经咨询委员会，参与学校对重大财经活动的决策过程，加强学校国有资产管理，建立健全学校国有资产配置、使用、处置管理制度，防止国有资产流失，提高使用效益。在中小学阶段，要进一步从财务会计观念的深化入手，强化部门预算管理、固定资产管理、常规收支管理和会计集中核算；高校阶段，逐步建立高校总会计师的准入制度和委派制度，加强专业化领导，提升经费使用和资产管理专业化水平，公办高等学校总会计师由政府委派。